微生物處理廢水的機理就是通過微生物的新陳代謝活動,把垃圾中的有機物質降解轉化為穩定的、無害的物質,從而達到凈化垃圾的方法。根據微生物新陳代謝過程中是否有氧的參與,垃圾的微生物凈化方法分為好氧凈化和厭氧凈化。

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（1）、微生物在好氧凈化有氧的條件下,好氧微生物通過自身的分解、合成代謝,把垃圾中的有機物礦物化的過程。在這個過程中,微生物不僅自身得到了生長、繁殖。垃圾也得到凈化。垃圾微生物好氧凈化法就是模擬這個原理來凈化垃圾的。此外,還要滿足微生物生命活動zui適宜的溫度(15-30℃)和ph值(6.5-8.5)等。生物菌劑:這種處理法的實質是使細菌等微生物和原生動物、后生動物等附著在濾料或載體上生長繁育,并在其上形成膜狀生物---生物膜。微生物將廢水中的污染物主要通過懸浮于垃圾中的有機菌藻共生作用、垃圾在微生物代謝活動進行降解,微生物對垃圾中的細菌可將廢氣有機物分解變成二氧化碳、硝酸根等無機物,有機物則可通過厭氧菌分解成甲烷、硫化氫等被藻類利用,從而使垃圾得到無臭味。

（2）、復合菌中某些菌種對重金屬化合物有很強的耐受性，能還原重金屬化合物為單體金屬，從而去除垃圾中的重金屬。復合菌對難降解的有機物，對廣泛存在于化工、醫藥、和焦化廢水中的含氮雜環化合物如咪唑等，有很好的降解能力。

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